Azərbaycan Hərbi Donanması 1919-cu ildə Azərbaycan Xalq Cumhuriyyəti dövründə yaradılıb.

Belə ki, 1919-cu ilin yayında ingilislər Bakını tərk edərkən şəhər limanının idarəçiliyini və hərbi gəmilərin bir hissəsini Azərbaycan hökumətinə təhvil verdilər. Bu gəmilərin əsasında Azərbaycan Xəzər Hərbi Dəniz Donanması təşkil edildi. Azərbaycan hökumətinin bu tədbiri ölkənin dəniz sərhədlərinin qorunmasında mühüm addım oldu.

1919-cu ilin sonlarında general İbrahim ağa Usubovun başçılıq etdiyi Azərbaycan hərbi missiyası donanma üçün xaricdən 6 birtoplu qırıcı kater, 12 qırıcı kater, 6 sualtı qayıq, 92 gəmi topu, 10 sahil topu, simsiz teleqraf qurğuları və s. aldı.

Azərbaycan Hökuməti Rusiya donanmasının admiralı, Şimal qütbünə ekspedisiyanın iştirakçısı, türk əsilli İslamovu milli donanmanın yaradılması işinə kömək göstərmək üçün 1919-cu ilin yayında Azərbaycana dəvət etdi. “Astrabad”, “Qars” və “Ərdəhan” hərb gəmilərinin komandirliyi azərbaycanlı kapitanlara tapşırıldı.

Hərbi donanmanın maddi-texniki bazasının və kadr təminatının gücləndirilməsi planları aprel işğalı nəticəsində həyata keçirilməmiş qaldı. Az sonra bolşeviklərin gəlişi ilə Azərbaycan hərbi donanması ləğv olundu.
SSRİ dağıldıqdan sonra Azərbaycanda da hərbi-dəniz donanmasının təşkilinə şərait yarandı.

1992-ci il aprelin 7-də Azərbaycan Respublikası Hərbi Dəniz Qüvvələri Qərargahı, mühafizə və təminat rotası yaradıldı. Xəzər Hərbi Dəniz Donanmasının 25 %-i və Ali Hərbi Dənizçilik Məktəbi Azərbaycan Respublikasının ixtiyarına verildi.

1992-ci il iyunun 26-da “Bakılı” keşikçi gəmisində Azərbaycan Respublikasının dövlət bayrağı qaldırıldı.

Nazirlər Kabinetinin 1996-cı il 15 iyul tarixli qərarı ilə Bakı Dəniz Yolları Məktəbinin bazasında Azərbaycan təhsilinin yeni istiqaməti kimi ali təhsilli dənizçi kadrlar hazırlayan Azərbaycan Dövlət Dəniz Akademiyası yaradıldı.

Ümummilli Lider Heydər Əliyevin 1996-cı ildə imzaladığı Fərmana əsasən hər il avqustun 5-i ölkədə Hərbi Donanma Günü kimi qeyd olunur.